Thời kỳ ông làm quản xứ ở Kẻ Sổ cũng là thời kỳ cấm đạo gắt gao nhất. Từ năm 1825 đến 1838, liên tiếp 7 dụ cấm đạo đã được triều đình ban ra. Năm Minh Mạng thứ 20 (1840), ông bị một số người phát hiện ông là giáo sĩ, tìm cách bắt giữ để lập công.

Khi bị bắt, tuổi ông cũng đã cao, sau khi bị giam một tháng, ông bị bệnh nặng, trở nên kiệt quệ. Trước khi ra pháp trường, ông đã ký giấy trao thi thể cho họ đạo Chuôn Trung, xứ Kẻ Chuôn, để lo mai táng hậu sự. Ngày 5 tháng 6 năm 1840, ông bị đem ra pháp trường ở Cầu Giấy xử chém.